Þrátt fyrir að bæði ísóprópanól og etanól ísóprópanól séu samsett úr kolefni, vetni og súrefni, er sameindabygging þeirra mismunandi. Ísóprópanól hefur sameindaformúluna CH3CH2CH2OH, sem gerir það að mettuðu þriggja -kolefnis lífrænu efnasambandi, en etanól ísóprópanól hefur sameindaformúluna (CH3)2CHOH, sem gerir það að lífrænu efnasambandi sem inniheldur eitt virk kolefnisatóm.
Suðumark er mismunandi: Ísóprópanól sýður við 97,2 gráður, en etanól ísóprópanól sýður við 82,4 gráður. Við stofuhita er ísóprópanól litlaus, gagnsæ vökvi, en etanól er fölgulur vökvi.
Leysni er mismunandi: Vegna mismunandi sameindabyggingar eru ísóprópanól og etanól mismunandi leysanlegt. Ísóprópanól hefur leysni upp á 10,6% (miðað við rúmmál) í vatni, en etanól ísóprópanól hefur meiri leysni og nær 50% (miðað við rúmmál).
Sýrustig/jafnvægi: Bæði ísóprópanól og etanól eru alkóhól, með miðlungs sýrustig og geta gengist undir basa-hvötuð viðbrögð.
